治疗寄生虫脑病首先需要明确是由哪种寄生虫引起的，常见的寄生虫病如广州管圆线虫病、血吸虫病、绦虫病均有抗寄生虫的相关药物，如阿苯达唑、吡喹酮等药物，但此类药物需在医生指导下使用，因为需要的药物剂量大、疗程长或需多个疗程重复治疗。如果寄生虫在局部形成包膜，会导致药物治疗效果不佳。在经过相应药物的治疗后，若通过影像学检查发现病灶有移动，则说明虫体是活动的，此时还需其它措施如神经外科手术切除来进行干预治疗。
寄生虫在颅内移行过程中，还会造成脑细胞水肿，在使用抗寄生虫药物的同时，还需使用抗脑细胞水肿药物，如甘露醇，甚至还需使用激素以减轻脑细胞水肿，进行辅助治疗。